藻類自動計數儀是智能化的藻類計數分析儀，能快速實現藻類清晰成像、按形態自動分類計數藻類、累計總數和排序優勢藻，以取代人工鏡檢計數，提高工作效率和準確性。
藻類自動計數儀主要有在線監測和人工鏡檢兩種方法。
在線監測：藍藻、綠藻、硅藻等常見藻類含有葉綠素a，在一定波長的激發光作用下產生熒光，通過熒光檢測儀器收集熒光信號，計算熒光值，利用熒光信號與葉綠素a濃度之間的比例關系，根據熒光反應特性的不同，區分各種藻類并間接測定水體中葉綠素a濃度、藻密度等參數。此種方法采用原位監測，快速簡便，但測定數據受溫度、光照強度、鹽度、水體深度等多種環境因素影響；對藻類監測只能達到門，不能具體到屬種，無法找出優勢種，監測結果存在較大偏差。
人工鏡檢：采集水樣，然后預處理，將水樣滴加到細胞計數框上，制片，在顯微鏡下對100個視野中的藻類進行分類計數，判定優勢種，計算藻密度。人工鏡檢方法可以對藻類進行直接觀察計數并鑒定到屬種，但不能進行原位檢測，用時較長，容易產生視覺疲勞，人為判定也存在一些誤差，同時需要操作者具有一定的藻類分類學知識和經驗。而我國藻類監測起步較晚，基礎薄弱，國內只有少數研究機構從事藻類監測工作，研究人員水平參差不齊，藻類監測領域人才嚴重短缺。
